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結論：
於勞動事件法第38條規定施行後，逾時簽退的出勤紀錄本身，固然有推定加班之效力，然而，倘若雇主得提出加班申請制之相關資料，並證明加班申請制確實運作，依民事法院見解，仍有機會可以依勞工有無申請而認定加班。
至於行政法院過去亦不乏有肯定加班申請制之見解，然而晚近則有見解對加班申請制漸持保留之態度，而要求雇主就逾時滯留勞工，應負進一步之監督管理責任，不得單以有無申請加班作為加班之認定依據。
內容：
就「勞工自主加班可否申請加班費」此一問題，民事法院向來多有肯定雇主得依加班申請制認定之見解：
一、民事法院過去（即勞動事件法第38條施行前）有見解認為：勞工主張有加班，必須就「加班」一事舉證，就此而言，勞工須舉證「曾依規定申請加班」，才滿足上開舉證責任；相對而言，如果勞工僅提出逾時簽退之紀錄，法院可能認為不足以構成加班之證據（因為逾時離開辦公室，不代表必然在提供勞務），而駁回加班費之請求。
二、至於109年1月1日施行之勞動事件法第38條規定：「出勤紀錄內記載之勞工出勤時間，推定勞工於該時間內經雇主同意而執行職務。」，依此規定，勞工提出之逾時簽退紀錄，即得推定為工作時間，出勤紀錄本身即有推定加班之效力，勞工不必再提出加班之其他證據，大幅減輕勞工對「加班」之舉證責任。
三、然而，勞動事件法第38條立法理由另外指出：「雇主如主張逾時簽退時段中有未提供勞務之情形，得提出勞動契約、工作規則或其他管理資料作為反對之證據，而推翻逾時簽退紀錄工時之推定。」。至今也確實有民事法院依據上開立法理由，肯定雇主提出加班申請制之相關資料，即可以推翻出勤紀錄之推定效力，以避免將逾時簽退時段列入加班時數。由此可知，即便於勞動事件法第38條施行後，民事法院仍有肯認加班申請制之見解。
四、然而，若雇主加班申請制本身有缺失，並未確實運作（比如禁止勞工申請、沒有事後按照實際加班工時與勞工確認有無工作等），民事法院也可能因此否認加班申請制的作用（臺灣高等法院108年度勞上易字第118號判決）。
至於行政法院過去亦不乏有肯定加班申請制之見解，然而最高行政法院近來有漸採否定見解之趨勢：
一、過去行政法院有認為勞基法上之「延長工時」，須經勞雇雙方同意。因此勞工若片面決定滯留辦公時工作，而未申請加班，雇主即無從核准及同意，難以構成勞基法上之延長工時（台北高等行政法院105年度訴字第113號行政判決、台北高等行政法院105年度訴字第1027號行政判決）。
二、但晚近有最高行政法院則持否定見解，認為雇主針對逾時滯留辦公室之勞工，必須負監督管理之責。也就是說，雇主應實際確認勞工於該段時間是否有提供勞務，而不得僅以勞工未申請加班，即一概否認有加班之情形（最高行政法院107年度判字第83號判決）。
三、另有行政法院判決認為，加班申請制度只是輔助記錄出勤之手段，縱勞工未申請加班，但有於正常工時外提供勞務之事實，雇主仍應認定為加班(臺灣臺中地方法院107年度簡字第17號判決)。
四、由上可知，晚近行政法院見解對加班申請制漸持保留之態度，而要求雇主就逾時滯留勞工，應負進一步之監督管理責任，不得單以有無申請加班作為延長工時之認定依據。
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